相关杂质主要是农药生产和储存过程中产生的，与有效成分相比具有明显毒理学危害或风险的反应副产物、分解代谢产物或原料及其携带物。农药原药中相关杂质主要是合成过程中由于原料质量、合成路线、合成工艺、控制水平等的不同或存储过程中储存条件不当而形成的。农药制剂中相关杂质则主要来源于加工使用的原药和助剂或者加工、储存过程中产生的有害物质。

农业部农药检定所2015年编辑的《农药中相关杂质分析手册》中显示，甲基嘧啶磷有5个相关杂质，分别为，O,O,S-三甲基硫代磷酸酯、O,O-二甲基硫代磷酰氯、O,O,O-三甲基硫代磷酸酯、O,O,S-三甲基二硫代磷酸酯、异甲基嘧啶磷。但是，经查询2016年FAO文件中甲基嘧啶磷相关杂质有4个，少了异甲基嘧啶磷。2016年文件中表明异甲基嘧啶磷毒性低于甲基嘧啶磷，取消了异甲基嘧啶磷为相关杂质。后咨询相关专家，目前甲基嘧啶磷相关杂质就是4个，与2016年FAO文件中一致。

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