依据植物代谢、动物代谢（残留）、环境代谢试验结果，判定是否有主要代谢物。主要代谢物是指农药使用后，在作物、动物体内、环境（土壤、水和沉积物）中的摩尔分数或者放射性强度比例大于10%的代谢物。

主要代谢物提供的试验包括：急性经口毒性、致突变性、亚慢性经口毒性试验。若专家认为，上述初级阶段毒理学试验结果显示具有毒理学意义，则需开展补充毒理学试验。主要代谢物有毒理学意义的，则需对主要代谢物制定每日允许摄入量（ADI）等安全阈值，将主要代谢纳入残留定义。

急性经口毒性试验：根据试验结果，判断对雌、雄动物的急性经口毒性级别，当对雌、雄动物急性级别不一致时，按毒性级别高的给出产品急性经口毒性级别。

致突变试验：鼠伤寒沙门氏菌/回复突变试验、体外哺乳动物细胞基因突变试验、体外哺乳动物细胞染色体畸变试验等。分别对各项试验数据进行分析和评价，判断试验结果为阴性或阳性。

亚慢性经口毒性试验∶比牧母体化台物和主要代谢物亚慢经口毒性试验结果，如毒性终点是否一致、相同毒性终点的NOAEL数值、主要代谢物是否存在母体化合物没有的毒性效应。如果发现主要代谢物存在母体化合物没有的毒性效应，需对新的毒性效应，作用的靶器官等进行综合分析。

其他毒理学试验：如母体化合物具有生殖毒性风险、致畸性风险、致癌性风险，则需以主要代谢物作为被试物进行相应的试验。根据上述试验结果判断主要代谢物是否有毒理学意义。如不能判定主要代谢物无毒理学意义，应根据安全评价需要增加毒理学试验项目，如急性神经毒性试验、生殖毒性试验、致畸性试验、慢性合并致癌性试验等。